Dalam dunia politik, Haji Mokhtar Ahmad mempunyai pengalaman yang menarik. Beliau mula berkecimpung dalam politik setelah abangnya, Tuan Guru Haji Abdullah Tahir mengasaskan Jabhah ad-Diniyah al-Islamiyah Kelantan pada 1936 di mana beliau adalah Yang Dipertua pertama jabhah, sebelum beliau bergilir-gilir dengan abangnya memimpin persatuan ulamak terawal di Semenanjung Tanah Melayu ini antara 1936 hingga 1948. Ketika Jawatankuasa Penggubal Undang-undang Tubuh Negeri Kelantan diwujudkan oleh Sultan Kelantan pada 1938, Haji Mokhtar Ahmad dilantik menganggotainya mewakili Jabhah ad-Diniyah al-Islamiyah. Ketika menjadi Kadi Pasir Mas pula, muncul tokoh ulamak muda, Maulana Abdullah Noh dari Pasir Puteh tetapi mengajar di Bandar Pasir Mas. Beliau sangat aktif berpolitik dan mengajak umat Islam kembali kepada politik Islam. Hasilnya, pada Mei 1947, Majlis Tertinggi Agama Malaya (MATA) dan sayap ekonominya, Pusat Perekonomian Melayu Se-Malaya (PEPERMAS) telah membuka cawangannya di Kelantan di mana Haji Mokhtar Ahmad selaku Kadi Kuala Krai dilantik mengetuai MATA Kelantan. Pada awal 1948, MATA dan PEPERMAS menjadi sayap agama dan ekonomi kepada Hizbul Muslimin setelah parti Islam itu ditubuhkan pada 14 Mac 1948.

Menyertai parti politik

Perpindahan beliau ke Pekan, Pahang pada 1950 setelah Hizbul Muslimin dilumpuhkan penjajah pada Ogos 1948 telah menghentikan sementara kegiatan politik beliau. Walau bagaimanapun, penyertaan Tuan Guru Haji Abdullah Tahir dalam PAS pada 1954 telah membawa beliau untuk bersama-sama PAS. Pada 1955 ini beliau bertanding dalam Pilihan raya umum Tanah Melayu 1955 mewakili PAS. Namun begitu, dengan pengaruh sahabatnya, Haji Nik Mustafa Fadhil Datuk Perdana Nik Mahmud, beliau bertanding mewakili Parti Negara di DUN Bachok Selatan tetapi tewas kepada calon PAS, Haji Othman Ismail dalam Pilihan raya umum Tanah Melayu 1959. Pada Pilihan raya umum Malaysia 1964, beliau bertanding pula di Pasir Mas Hilir, tetapi sebagai calon Perikatan di mana beliau tewas kepada Cikgu Muhammad Fakhruddin Abdullah dari PAS dengan majoriti 8,215 undi.

Pilihan raya

Menyedari pengaruhnya dalam politik tidak berkesan, beliau telah memilih untuk aktif dalam aktiviti pengurusan haji dan mengajar di pondok sahaja dalam menghabiskan usia tuanya di Bunut Payung sepanjang dekad 1970-an.